Le sanctuaire Toshogu abrite la tombe d'un homme qui avait demandé à être enterré ailleurs. Tokugawa Ieyasu est mort en 1616 à Sunpu et fut d'abord inhumé sur le mont Kuno ; un an plus tard, sa dépouille fut transportée vers le nord, à Nikko, dans les collines ombragées de cèdres de ce qui est aujourd'hui Tochigi. Son petit-fils Iemitsu a reconstruit le complexe entre 1634 et 1636. Quelque 15 000 artisans y ont travaillé pendant dix-sept mois. Le sanctuaire qui en a résulté contient plus de 5 000 sculptures.
Cet excès était politique. Là où les anciens sanctuaires de Kyoto enseignaient la retenue, Nikko a défendu le contraire : qu'un clan de guerriers ayant mis fin à un siècle de guerre civile méritait la feuille d'or, la laque et l'ornementation chinoise. Le choix du site était cosmologique. Nikko se situe plein nord d'Edo, la direction d'où, selon la géomancie chinoise, provient la protection. Ieyasu est devenu Tosho Daigongen, la grande divinité qui illumine l'est, et son mausolée est devenu un instrument d'État. Les seigneurs féodaux furent contraints de financer son entretien et de parcourir l'avenue de cèdres de 37 kilomètres que les pèlerins suivent encore aujourd'hui. Ces arbres — environ 13 000 subsistent sur les 200 000 originaux — ont été plantés par un seul vassal, Matsudaira Masatsuna, sur vingt ans.
Un visiteur envisageant une visite privée d'une journée à Nikko depuis Tokyo considère donc un sanctuaire conçu comme un argument plutôt que comme une retraite. L'UNESCO a inscrit les sanctuaires et temples de Nikko en 1999, citant 103 structures et l'intégration des bâtiments dans le paysage montagneux. Neuf d'entre eux sont des Trésors nationaux.
L'architecture récompense une lecture lente. Yomeimon, la porte en haut des 207 marches qui structurent l'accès au site, porte 508 sculptures sur deux étages : sages chinois, dragons, pivoines et une colonne délibérément inversée pour que la perfection n'offense pas les dieux. Derrière elle, le plafond du Honjido produit le naki-ryu, le dragon qui pleure, un effet de résonance audible uniquement sous la bouche de la bête. Le Nemuri-neko — le chat endormi, attribué au sculpteur Hidari Jingoro — garde le passage vers la tombe d'Ieyasu. À proximité se trouvent les trois singes sages, sculptés sur une écurie pour chevaux sacrés, la plus ancienne représentation connue de la triade mizaru-kikazaru-iwazaru au Japon.
La restauration est continue. La conservation de Yomeimon à l'ère Heisei, achevée en 2017, a nécessité six ans et a réappliqué la feuille d'or selon la méthode traditionnelle. Le sanctuaire Toshogu est ouvert tous les jours de 09:00 à 17:00 au 2301 Sannai, Nikko-city, Tochigi, avec un droit d'entrée adulte de 1 600 JPY à l'entrée — les mêmes chiffres qui régissent chaque visite privée d'une journée à Nikko depuis Tokyo arrivant de la capitale.